Salah satu kelemahan QRIS adalah keterbatasan kecepatannya. Meskipun penggunaan QRIS dapat mempercepat proses pembayaran, namun jika terjadi masalah pada sistem atau jaringan yang digunakan, maka proses pembayaran dapat menjadi lambat dan terhambat.Sebagian besar transaksi dengan QRIS tidak membebankan biaya tambahan. Ini berbeda dengan metode pemb